Au bord des lacs de Chalain et de Clairvaux, dans le Jura français, les ruines de petits hameaux datant de 3 000 ans avant J.-C. se sont remarquablement conservées sous le niveau de l'eau ; elles constituent aujourd'hui l'une des sources documentaires les plus extraordinaires sur la vie quotidienne du Néolithique, aussi bien pour les scientifiques que pour le grand public. Après vingt années de découvertes, une équipe du Centre National de la Recherche Scientifique propose la reconstitution de deux maisons. Elle a pu contrôler, en grandeur nature, les données fournies par la fouille sur l'architecture, les outillages de pierre polie, les techniques de gestion de la forêt, les pratiques agricoles et la vie quotidienne de ces premiers cultivateurs qui ont défriché le Jura. Documents archéologiques, ethnoarchéologie et expérimentation nous font découvrir l'étonnante maison de paysans néolithiques qui ont choisi de protéger leurs communautés et leurs greniers dans un milieu où l'eau et la forêt se partagent les paysages.